R語言學習ggplot2繪制統計圖形包全面詳解
一、序
作為一枚統計專業的學僧,首先需要掌握的編程語言一定是R。雖然自己對R談不上精通,但卻有著不一樣的熱愛,尤其熱衷於使用R語言繪制各種各樣覺得十分酷炫的圖。每每磕完一個繪圖作品,仿佛過瞭一個愉快的寒暑假,充實而滿足。而在R語言中,談到繪圖,就不得不聊聊ggplot2
這個大神器。
剛開始接觸學習的時候,其實是非常抵觸,覺得非常非常難的,但隨著一張張圖片躍然於屏幕之上,心中的抵觸滿滿消失,取而代之的甚至多出瞭一絲喜愛。而這絲喜愛愈釀愈醇厚,愈釀愈香甜。這就促使我寫一寫這篇博文。回顧我之前學習ggplot2
所走過的路,使大傢能夠避免走上我曾經走過的死胡同,從而走上一條康莊大道。也希望大傢能夠愛上R這門編程語言,享受使用ggplot2
繪圖的樂趣。
本文其實借鑒瞭網上很多的教程與參考文獻,具體這些學習資料的網址,也會在文末進行說明。
二、ggplot2是什麼?
一句話概括:它是一個用來繪制統計圖形(不隻是統計圖形)的R包!
為什麼叫ggplot呢?其中的gg當然不是Good Game的意思,而是Grammar of Graphics,直譯就是繪圖的語法,這是一門學問,繪圖的學問。後面會介紹其與眾不同的語法。
作者是Hadley Wickham,下面我們先瞻仰一下大神,沾點靈氣,為後續的ggplot
學習之路打好基礎。
說起這位作者,可就厲害瞭。他是RStudio公司的首席科學傢,在博士期間其實就已經開發出瞭ggplot
包,後面覺得寫的不行,於是推陳出新,天空一聲巨響,ggplot2
閃亮登場。由於這個包實在是太好用瞭,所以漸漸的,如今Python等多個編程語言都有瞭其對應的庫。
當然,如果僅僅憑借ggplot2
,Wickham還無法成為RStudio公司的首席科學傢,他還是dplyr
,devtools
,readxl
,rvest
等包的作者,是一位全能型大神。
與此同時,在工作之外,他擅長烘焙和調制雞尾酒,並且還有自己的傢庭食譜網站。真的非常的膩害!
更新:大神還榮獲2019年的統計學諾貝爾獎——COPSS 獎!
好瞭,言歸正傳,我們接著介紹ggplot2
。
三、ggplot2能畫出什麼樣的圖?
前面一直在誇它的好,得看看它究竟能創作出什麼樣的圖!(由於博客的限制,不能使用svg的高清無碼矢量圖,故隻能使用略帶模糊的jpg圖片)
前面兩個圖都是標準的統計學的我們需要畫的圖,隻不過是將箱線圖、柱狀圖、直方圖、散點圖、擬合回歸以及相關系數,全部融合在瞭一張圖上,信息量非常豐富。集百傢之所長,成一傢之言!但這還沒什麼,ggplot2
還能做出令你更加吃驚的統計圖。就比如下面的回歸樹圖:
還有下面這個像巖漿一樣的族譜圖:從祖先到你,如何薪火相傳。
以及最後一個犯罪率的變化情況。
好看的圖片千千萬,有趣的繪圖包隻有ggplot2
。這裡隻介紹極小的一部分情況,說明一下它能做些什麼。屏幕中的圖,如果不自己生成,就永遠隻是別人傢的圖,而不是自己的,所以下面我們就來講講如何像搭積木,組裝機器一樣,組裝成一個獨屬於你的妖嬈且風騷的圖片。
四、組裝機器
ggplot2
繪圖三步走:
- 按照**“設計圖紙”**
- 用一個個**“零件”**
- 自己進行**“組裝”**
後面會一一進行介紹,這三步。但其實隻要有一個概念,用ggplot2
就是像PS一樣,一個圖層一個圖層的疊加,最後組成我們的目標繪圖。
它的優勢非常明顯:
- 用戶能在更抽象層面上控制圖形,使創造性繪圖更容易
- 采用圖層的設計方式,使其更具靈活性
- 圖形美觀,同時避免繁瑣細節
- 將常見的統計變換融入到瞭繪圖中
五、設計圖紙
想要瞭解ggplot2
,我們必須先瞭解下面這些概念:
- 數據(Data)和映射(Mapping):將數據映到圖像
- 幾何對象(Geometric):代表在圖中看到的實際元素,如點、線、多邊形等
- 統計變換(Statistics):對數據進行某種匯總,如直方圖,或將二維關系用線性模型解釋
- 標度(Scale):將數據的取值映射到圖形空間,例如用:顏色、大小、形狀表示不同取值
- 坐標系(Coordinate):數據如何映射到圖形所在平面,提供作圖所需的坐標軸和網格線
- 分面(Facet):將數據分解為子集,進行聯合展示
- 圖層(Layer):對所需的繪圖操作進行一層一層疊加,最終得到所需圖形
這些概念能幫助你加深對其的理解,但是還是不懂?沒關系!我們剛開始隻需要掌握下面的零件構造就好瞭!
六、機器的零件
在最最最開始,你需要安裝R
並且建議安裝R Studio
,都是免費的,並且都需要安裝,然後可以直接從R Studio
打開。
然後我們需要先安裝ggplot2
包,在R
或者R Studio
中使用下述語句,即可完成安裝。
install.packages('ggplot2')
接著,我們就可以學習其中的每個零件的用法瞭。
1. 零件——散點圖
如果我們想要看兩個變量之間的關系,最簡單,最方便的做法就是繪制散點圖,那我們如何使用ggplot2
繪制這樣一個圖形呢?
library(ggplot2) p <- ggplot(data = mpg, mapping = aes(x = cty, y = hwy)) p + geom_point()
首先需要使用library()
對ggplot2
包進行加載(記得每次重新打開都需要進行加載!),當然也可以使用require()
。然後就可以愉快地進行繪圖瞭。
我們需要找到一個映射,也就是一對一的對應關系,這個我們在程序中如何給定呢?這就需要使用ggplot()
這個函數。
首先在data =
後面需要加上數據集的名稱,在例子中是mpg
一個關於汽車的數據集(註意:這個數據集是ggplot2
包中特有的,加載瞭包才會有這個數據集)。在這個數據集裡面有很多變量,其中有cty
與hwy
等一系列變量。 每個變量都有一列數值,也就是樣本的信息,我們需要看cty
與hwy
兩個變量對應的信息,就需要指定x軸是誰,y軸對應的是誰。在代碼中,首先需要使用aes()
將兩個坐標軸的信息對應起來。aes代表的是aesthetic mappings,具有美感的映射,然後在裡面分別使用x =
,y =
來制定需要映射的變量。至此,我們的對應關系就找出來瞭。
但是!此時,你運行p
這個變量是沒有圖像信息反饋出來的,因為你隻是指定瞭關系,而沒有說明應該以什麼形式進行展現。可能是散點、折線、曲線等等。不過由於我們是進行散點圖的繪制,所以使用的是後面還要+ geom_point()
就可以展現出散點圖瞭,其中geom表示的是geometric object,幾何對象的意思。
接著,我們再對散點圖進行一點點潤色。(黑黑的點真的好醜)
1) 變換顏色
p <- ggplot(mpg, aes(x = cty, y = hwy, colour = factor(year))) p + geom_point()
這裡我們指定瞭其散點的顏色,在aes()
中使用瞭colour =
,其後面的year
也是mpg
數據集中的一個變量。裡面隻有1999和2008兩年,每個樣本都有一個年份。(colour =
寫在aes()
裡面可以自動分配顏色,寫在外面就是強制指定點的顏色,如加上‘blue'
等)
不過為瞭將數字轉化成factor因子形式,我們這裡使用瞭factor()
將數值變成瞭因子(可以自己嘗試不添加factor()
看看會出現什麼樣的結果,其實會出現顏色的深淺表示數值的大小)。
這裡使用瞭p <- ggplot(mpg, aes(x = cty, y = hwy, colour = factor(year)))
,我們默認將後面這部分賦值給瞭變量p
,後面的p
全部都是指代這行語句。
這行代碼還有另外一個地方發生瞭變化,data =
消失,隻是這個都可以省略,隻要在對應的位置有數據集這個變量就好瞭(這裡是mpg
)。同理,其實x =
與y =
在這裡都可以省略。
在出現瞭散點之後,還是覺得空蕩蕩的,我們再加點別的零件。
2) 擬合曲線
p + geom_point() + stat_smooth()
相比於原先的操作,隻是再加瞭一行 + stat_smooth()
,stat表示的是statistical transformation,統計學變換。因為我們需要用插值的方法來繪制擬合直線,並且附帶置信區間。
3) 變換大小
p + geom_point(aes(colour = factor(year), size = displ)) + stat_smooth() # 排量越大,點越大
想要變換點的大小,隻需再在aes()
中加上size =
,後面接上一個新的變量名稱displ
代表著汽車的排量,每個點的尺寸越大,代表著排量越大,其對應關系如右邊圖例所示。
在此基礎上我們還想在一張圖上添加更多的信息,同時也可以解決點與點之間的重疊的問題,不會因為遮蓋而使得我們有部分點看不到。那麼我們應該怎麼做呢?
透明度!
4) 修改透明度
p + geom_point(aes(colour = factor(year), size = displ), alpha = 0.5) + stat_smooth() + scale_size_continuous(range = c(4, 10))
同樣,我們隻需使用alpha =
即可其范圍在0 — 1之間,越小表示越透明。註意,在這裡,我們是寫在aes()
的外面,代表對所有的點都強制透明度為0.5。
在修改完透明度後,我們發現,圖像已經有一點夢幻般的感覺瞭。但仔細一看,會發現,這張圖實在是太擁擠瞭,1999年與2008年全部擠在瞭一塊兒,那有沒有什麼簡單的方法可以將兩年直接分開呢?
使用分層操作!
5) 分層
p + geom_point(aes(colour = class, size = displ), alpha = 0.5) + stat_smooth() + scale_size_continuous(range = c(4, 10)) + facet_wrap(~ year, ncol = 1)
這次變化的內容其實有點多,我們來細細捋一捋,首先是分層。
其實分層操作用起來非常的簡單,就一行代碼:facet_wrap(~ year, ncol = 1)
,facet_wrap()
是關鍵,facet與wrap兩個詞組合,就是逐面地包起來。裡面我們選擇按照year
這個變量來分層,就可以將1999與2008分開。一定要註意!這裡在year
前面有個~
,回歸中的用法。而最後的ncol = 1
代表著我們的小窗口是1列,指定瞭1列之後,默認就是兩行啦。(因為年份一共隻有兩種)如果不加這句,會默認橫著排列,或者想要指定幾行,則使用nrow = 1
。
第二個修改的地方是colour = class
。同樣的,class
也是數據集中的一個變量,代表不同種類的汽車,而因為汽車的種類非常多,所以顏色也就變的很多瞭。
第三個修改點是:添加瞭scale_size_continuous(range = c(4, 10))
,也就是指定我們size
的變化范圍。在本圖中,就是控制點的絕對大小的范圍, 不要太大,也不要太小。
至此,散點圖該潤色的地方,已經潤色的差不多瞭,唯獨還有一個小小的缺陷:能否加個標題,並且將這些英文簡寫的名稱改得更容易懂一些。畢竟做統計圖不是為瞭自娛自樂,而是要給別人看的,要讓大傢明白你在做什麼,在分析什麼。
所以我們還需要進行一點點修改。
6) 改中文
p + geom_point(aes(colour = class, size = displ), alpha=0.5) + stat_smooth() + scale_size_continuous(range = c(4, 10)) + facet_wrap(~ year,ncol = 1) + labs(y = '每加侖高速公路行駛距離', x = '每加侖城市公路行駛距離', title = '汽車油耗與型號', size = '排量', colour = '車型') + theme(text = element_text(family = "STHeiti"), plot.title = element_text(hjust = 0.5))
看到這麼長的代碼,首先要做的就是淡定,不要虛!我們慢慢來解釋。
其實我們隻添加瞭兩個地方,labs()
與theme()
。
labs()
修改的是我們標簽的名稱。我們前面在aes()
中用瞭x =
,y =
,size =
以及colour =
,這些都是會有標簽名稱的,默認都是前面顯示的一些英文。而這裡,我們隻需要在labs()
中,寫上其對應的名稱即可。另外我們還附送一個title =
,就是我們圖像的標題。
theme()
更偏向於格式的修改。text = element_text(family = "STHeiti")
是對字體進行修改,變為黑體。Windows系統的各位,可以不添加這行,一樣會顯示前面labs()
中設定的中文。而如果是Mac或者Linux系統,由於字體的缺失,會顯示成一個一個的框框,在圖像上顯示不瞭中文字。
第二行plot.title = element_text(hjust = 0.5)
是調整標題的位置,不加這行,標題會居左,加上才會居中。hjust = 0.5
其實就是左右移動的意思,0.5表示居中。
2. 零件——直方圖與條形圖
學完瞭零件——散點圖,我們再來學學其它零件。
我們先著重介紹直方圖與條形圖。可能會有有人問,這兩個不都是方塊兒條嗎,有什麼區別。其實這兩個圖有本質的區別:一個是針對連續的變量(直方圖,histogram),將連續的變量砍成一段一段,再進行計數;一個是針對離散的變量(條形圖,bar),直接對每類的樣本來數數。
1) 直方圖
p1 <- ggplot(mpg, aes(x = hwy)) p1 + geom_histogram()
這裡不再用前面的變量p
,而是變成p1
,其映射是不需要y
的,隻需要指定x =
數據集中的一個變量即可。然後+ geom_histogram()
會使用默認的參數進行直方圖的繪制。
2) 潤色
p1 + geom_histogram(aes(fill = factor(year), y = ..density..), alpha = 0.3, colour = 'black') + stat_density(geom = 'line', position = 'identity', size = 1.5, aes(colour = factor(year))) + facet_wrap(~ year, ncol = 1)
這裡又進行瞭很多操作,下面將其進行分解。
首先是facet_wrap(~ year, ncol = 1)
按年分層,這裡不再詳述。我們來聊聊geom_histogram()
中的參數。
fill = factor(year)
放在aes()
中表示按年進行填充顏色。為什麼不用前面說到的colour =
?這是ggplot繪圖中一個非常重要的點!(敲黑板!)對於線與點這種面積為0的結構,它的顏色就直接使用colour =
進行指定,而對條形圖,柱狀圖,扇形圖(特殊的柱狀圖),箱線圖等等有面積的圖形,其面積的顏色,我們需要用fill =
來指定。
添加y = ..density..
是將原本的頻數直方圖變成頻率密度直方圖,目的是為瞭在直方圖上添加密度曲線,兩者可以同時在一張圖上展現。
alpha = 0.3
是指定填充顏色的透明度, colour = 'black'
則是強制指定柱狀圖邊框的顏色為黑色。註意這兩個參數是放在aes()
外面,就是強制設定的意思。
stat_density()
表示添加統計學中的密度曲線,進行密度估計。geom = 'line'
指定為線形, position = 'identity'
表示一個一一映射, size = 1.5
是強制修改線的尺寸,為原先的1.5倍。最後的aes(colour = factor(year))
為修改擬合密度曲線的顏色,這裡就是用的colour =
而不是fill =
3) 條形圖
p2 <- ggplot(mpg, aes(x=class)) p2 + geom_bar()
直接簡單地計算不同車種類在數據集中的數量,使用 + geom_bar()
,用默認參數即可繪制。我們直接從圖上也可以看出,geom_bar()
與geom_histogram()
,兩者繪制出來的圖形,一個有間隔,一個沒有間隔。這就正好對應瞭我們的離散與連續的區別。
我們想進一步比較不同年份,兩者的汽車種類的數量是否有差別,我們可以使用並立條形圖。
a. 並立條形圖
p3 <- ggplot(mpg, aes(class, fill = factor(year))) p3 + geom_bar(position = 'dodge')
隻需添加參數position = 'dodge'
,並立條形圖帶回傢!當然前面要說明用什麼變量來並立,這裡是年份:fill = factor(year)
同樣,我們可以做不同的條形圖。
b. 堆疊條形圖
p3 <- ggplot(mpg, aes(class, fill = factor(year))) p3 + geom_bar(position = 'dodge')
c. 分面條形圖
p3 + geom_bar(aes(fill = class)) + facet_wrap(~ year)
隻需動一動手指,就可享受到買一送三的奢華體驗!
3. 零件——餅圖
餅圖可以說是條形圖的一種特殊形式,其繪制方法可以從代碼中看出。
p4 <- ggplot(mpg, aes(x = factor(1), fill = factor(class))) + geom_bar(width = 1) p4 + coord_polar(theta = "y")
首先x軸,隻有一個柱子,柱子的寬度我們設置為1,geom_bar(width = 1)
,也就是鋪滿整個圖,而柱子按照class
變量來分類,並且是堆疊的(默認是堆疊條形圖)。這時的圖,也就是p4
是一個“千層餅”。然後我們按照y軸為原點,用coord_polar(theta = "y")
,把這個千層餅卷成千層卷,就成瞭我們的餅圖瞭。
後面會專門開個博客來細講餅圖的一些細節操作。
4. 零件——箱線圖
用geom_boxplot()
繪制箱線圖。
p5 <- ggplot(mpg, aes(class, hwy, fill = class)) p5 + geom_boxplot()
但是箱線圖怎麼看都覺得不夠炫酷,我們可以用小提琴圖來使繪圖變得更加美麗動人。
5. 零件——小提琴圖
p5 + geom_violin(alpha = 0.3) + geom_jitter(shape = 21)
使用geom_violin()
繪制小提琴圖,同樣改變透明度。小提琴圖相比於箱線圖多瞭各個類別分佈的信息,是圖像變得更加漂亮。
然後我們用geom_jitter()
添加擾動點,其實就是將數據點等間隔的排列,顯得更加高大上。其中的shape = 21
指定的是擾動點的形狀,我們用21號,也就是空心點(默認是實心點)。
至此,主要的零件都已經介紹完成瞭。但我們可以看到,ggplot繪制出來的圖,背景都是灰格子,我們可不可以將其去掉呢?
當然可以!
6. 零件打磨
下面的一系列變化都基於前面繪制的箱線圖。我們通過修改theme()
中一系列參數,來對背景進行修改。
# 不要灰底 p5 <- ggplot(mpg, aes(class, hwy, fill = class)) p6 <- p5 + geom_boxplot() p6 + theme_bw()
# 不要網格線 p6 + theme_bw() + theme(panel.grid = element_blank())
# 不要刻度標簽 p6 + theme_bw() + theme(panel.grid = element_blank(), axis.text = element_blank())
# 不要刻度線 p6 + theme_bw() + theme(panel.grid = element_blank(), axis.text = element_blank(), axis.ticks = element_blank())
# 不要xy軸標題 p6 + theme_bw() + theme(panel.grid = element_blank(), axis.text = element_blank(), axis.ticks = element_blank(), axis.title = element_blank())
# 不要外層邊框 p6 + theme_bw() + theme(panel.grid = element_blank(), axis.text = element_blank(), axis.ticks = element_blank(), axis.title = element_blank(), panel.border = element_blank())
# 不要圖例 p7 <- p6 + theme_bw() + theme(panel.grid = element_blank(), axis.text = element_blank(), axis.ticks = element_blank(), axis.title = element_blank(), panel.border = element_blank(), legend.position = "none") p7
7. 超級變變變
到這裡還有沒有進一步的提升空間呢?比如定制自己喜歡的配色?當然可以!
這裡我們使用scale_fill_manual()
函數,來對箱線圖中填充的顏色進行修改。觀察這個函數,可以發現,由於是箱線圖中填充的顏色,所以函數中間是fill。如果將中間的fill替換成colour,也就是scale_colour_manual()
,就可以對點與線的顏色進行定制瞭!
關於具體的配色,在文末會有推薦的網站,大傢隻需選中自己喜歡的配色,復制粘貼即可。
變
# 黃棕變 color = c('#ffffd4', '#fee391', '#fec44f', '#fe9929', '#ec7014', '#cc4c02', '#8c2d04') p7 + scale_fill_manual(values = color)
變!
# 紅藍變 color = c('#b2182b', '#ef8a62', '#fddbc7', '#f7f7f7', '#d1e5f0', '#67a9cf', '#2166ac') p7 + scale_fill_manual(values = color)
變!!
# 清新脫俗變 color = c('#fbb4ae', '#b3cde3', '#ccebc5', '#decbe4', '#fed9a6', '#ffffcc', '#e5d8bd') p7 + scale_fill_manual(values = color)
8. 其他常用零件
最後我們再介紹一些其他常用的零件:
函數 | 圖形 | 選項 |
---|---|---|
geom_bar() | 條形圖 | color, fill, alpha |
geom_boxplot() | 箱線圖 | color, fill, alpha, notch, width |
geom_density() | 密度圖 | color, fill, alpha, linetype |
geom_histogram() | 直方圖 | color, fill, alpha, linetype, binwidth |
geom_hline() | 水平線 | color, alpha, linetype, size |
geom_jitter() | 抖動點 | color, alpha, size, shape |
geom_line() | 線圖 | color, alpha, linetype, size |
geom_point() | 散點圖 | color, alpha, size, shape |
geom_rug() | 地毯圖 | color, sides |
geom_smooth() | 擬合曲線 | method, formula, color, fill, linetype, size |
geom_text() | 文字註解 | … … |
geom_violin() | 小提琴圖 | color, fill, alpha, linetype |
geom_vline() | 垂線 | color, alpha, linetype, size |
… … | … … | … … |
七、實踐出真知
別人傢的男票再帥,也是別人傢的。
同理可證,代碼一定要自己一行一行的敲,並且每次可以自己多試幾種類似的情況,看看圖形會怎麼變。帶著問題去學習,去探索,一定會很快入門ggplot2
這個大殺器!
八、學習資源
ggplot2官方參考文檔
ggplot2速查(Cheat Sheet)
ggmap(可以畫出美得令人窒息的地圖)
ggplot2很多很多衍生包
一個專治“疑難雜癥”的地方(Stack Overflow)
調色板(用於配色,很全面,但偶爾需要翻墻)
另一個配色網站
函數與使用方法速查
九、參考資料
ggplot2官方參考文檔
30分鐘學會ggplot2
ggplot2 Elegant Graphics for Data Analysis (use R)
ggplot2高級繪圖。
最後本文的PPT(利用 R 包 xaringan 制作而成)於GitHub上可獲得:
https://github.com/kannyjyk/ggplot2-xaringan
以上就是R語言學習ggplot2繪制統計圖形包全面詳解的詳細內容,更多關於R語言ggplot2繪制統計圖形包的資料請關註WalkonNet其它相關文章!
推薦閱讀:
- R語言使用ggplot繪制畫中畫細節放大的方法
- R語言數據可視化tidyr與ggplot2多個變量分層展示舉例實現
- R語言包ggplot實現分面去掉小標題的灰色底色小技巧
- R語言數據可視化ggplot添加左右y軸繪制天貓雙十一銷售圖
- R語言數據可視化ggplot繪制置信區間與分組繪圖技巧