R語言學習ggplot2繪制統計圖形包全面詳解

一、序

作為一枚統計專業的學僧,首先需要掌握的編程語言一定是R。雖然自己對R談不上精通,但卻有著不一樣的熱愛,尤其熱衷於使用R語言繪制各種各樣覺得十分酷炫的圖。每每磕完一個繪圖作品,仿佛過瞭一個愉快的寒暑假,充實而滿足。而在R語言中,談到繪圖,就不得不聊聊ggplot2這個大神器。

剛開始接觸學習的時候,其實是非常抵觸,覺得非常非常難的,但隨著一張張圖片躍然於屏幕之上,心中的抵觸滿滿消失,取而代之的甚至多出瞭一絲喜愛。而這絲喜愛愈釀愈醇厚,愈釀愈香甜。這就促使我寫一寫這篇博文。回顧我之前學習ggplot2所走過的路,使大傢能夠避免走上我曾經走過的死胡同,從而走上一條康莊大道。也希望大傢能夠愛上R這門編程語言,享受使用ggplot2繪圖的樂趣。

本文其實借鑒瞭網上很多的教程與參考文獻,具體這些學習資料的網址,也會在文末進行說明。

二、ggplot2是什麼?

一句話概括:它是一個用來繪制統計圖形(不隻是統計圖形)的R包!

為什麼叫ggplot呢?其中的gg當然不是Good Game的意思,而是Grammar of Graphics,直譯就是繪圖的語法,這是一門學問,繪圖的學問。後面會介紹其與眾不同的語法。

作者是Hadley Wickham,下面我們先瞻仰一下大神,沾點靈氣,為後續的ggplot學習之路打好基礎。

說起這位作者,可就厲害瞭。他是RStudio公司的首席科學傢,在博士期間其實就已經開發出瞭ggplot包,後面覺得寫的不行,於是推陳出新,天空一聲巨響,ggplot2閃亮登場。由於這個包實在是太好用瞭,所以漸漸的,如今Python等多個編程語言都有瞭其對應的庫。

當然,如果僅僅憑借ggplot2,Wickham還無法成為RStudio公司的首席科學傢,他還是dplyrdevtoolsreadxlrvest等包的作者,是一位全能型大神。

與此同時,在工作之外,他擅長烘焙和調制雞尾酒,並且還有自己的傢庭食譜網站。真的非常的膩害!

更新:大神還榮獲2019年的統計學諾貝爾獎——COPSS 獎!

好瞭,言歸正傳,我們接著介紹ggplot2

三、ggplot2能畫出什麼樣的圖?

前面一直在誇它的好,得看看它究竟能創作出什麼樣的圖!(由於博客的限制,不能使用svg的高清無碼矢量圖,故隻能使用略帶模糊的jpg圖片)

前面兩個圖都是標準的統計學的我們需要畫的圖,隻不過是將箱線圖、柱狀圖、直方圖、散點圖、擬合回歸以及相關系數,全部融合在瞭一張圖上,信息量非常豐富。集百傢之所長,成一傢之言!但這還沒什麼,ggplot2還能做出令你更加吃驚的統計圖。就比如下面的回歸樹圖:

還有下面這個像巖漿一樣的族譜圖:從祖先到你,如何薪火相傳。

以及最後一個犯罪率的變化情況。

好看的圖片千千萬,有趣的繪圖包隻有ggplot2。這裡隻介紹極小的一部分情況,說明一下它能做些什麼。屏幕中的圖,如果不自己生成,就永遠隻是別人傢的圖,而不是自己的,所以下面我們就來講講如何像搭積木,組裝機器一樣,組裝成一個獨屬於你的妖嬈且風騷的圖片。

四、組裝機器

ggplot2繪圖三步走:

  • 按照**“設計圖紙”**
  • 用一個個**“零件”**
  • 自己進行**“組裝”**

後面會一一進行介紹,這三步。但其實隻要有一個概念,用ggplot2就是像PS一樣,一個圖層一個圖層的疊加,最後組成我們的目標繪圖。

它的優勢非常明顯:

  1. 用戶能在更抽象層面上控制圖形,使創造性繪圖更容易
  2. 采用圖層的設計方式,使其更具靈活性
  3. 圖形美觀,同時避免繁瑣細節
  4. 將常見的統計變換融入到瞭繪圖中

五、設計圖紙

想要瞭解ggplot2,我們必須先瞭解下面這些概念:

  1. 數據(Data)和映射(Mapping):將數據映到圖像
  2. 幾何對象(Geometric):代表在圖中看到的實際元素,如點、線、多邊形等
  3. 統計變換(Statistics):對數據進行某種匯總,如直方圖,或將二維關系用線性模型解釋
  4. 標度(Scale):將數據的取值映射到圖形空間,例如用:顏色、大小、形狀表示不同取值
  5. 坐標系(Coordinate):數據如何映射到圖形所在平面,提供作圖所需的坐標軸和網格線
  6. 分面(Facet):將數據分解為子集,進行聯合展示
  7. 圖層(Layer):對所需的繪圖操作進行一層一層疊加,最終得到所需圖形

這些概念能幫助你加深對其的理解,但是還是不懂?沒關系!我們剛開始隻需要掌握下面的零件構造就好瞭!

六、機器的零件

在最最最開始,你需要安裝R並且建議安裝R Studio,都是免費的,並且都需要安裝,然後可以直接從R Studio打開。

然後我們需要先安裝ggplot2包,在R或者R Studio中使用下述語句,即可完成安裝。

install.packages('ggplot2')

接著,我們就可以學習其中的每個零件的用法瞭。

1. 零件——散點圖

如果我們想要看兩個變量之間的關系,最簡單,最方便的做法就是繪制散點圖,那我們如何使用ggplot2繪制這樣一個圖形呢?

library(ggplot2)
p <- ggplot(data = mpg, mapping = aes(x = cty, y = hwy))
p + geom_point()

首先需要使用library()ggplot2包進行加載(記得每次重新打開都需要進行加載!),當然也可以使用require()。然後就可以愉快地進行繪圖瞭。

我們需要找到一個映射,也就是一對一的對應關系,這個我們在程序中如何給定呢?這就需要使用ggplot()這個函數。

首先在data =後面需要加上數據集的名稱,在例子中是mpg一個關於汽車的數據集(註意:這個數據集是ggplot2包中特有的,加載瞭包才會有這個數據集)。在這個數據集裡面有很多變量,其中有ctyhwy等一系列變量。 每個變量都有一列數值,也就是樣本的信息,我們需要看ctyhwy兩個變量對應的信息,就需要指定x軸是誰,y軸對應的是誰。在代碼中,首先需要使用aes()將兩個坐標軸的信息對應起來。aes代表的是aesthetic mappings,具有美感的映射,然後在裡面分別使用x =y =來制定需要映射的變量。至此,我們的對應關系就找出來瞭。

但是!此時,你運行p這個變量是沒有圖像信息反饋出來的,因為你隻是指定瞭關系,而沒有說明應該以什麼形式進行展現。可能是散點、折線、曲線等等。不過由於我們是進行散點圖的繪制,所以使用的是後面還要+ geom_point()就可以展現出散點圖瞭,其中geom表示的是geometric object,幾何對象的意思。

接著,我們再對散點圖進行一點點潤色。(黑黑的點真的好醜)

1) 變換顏色

p <- ggplot(mpg, aes(x = cty, y = hwy, colour = factor(year)))
p + geom_point()

這裡我們指定瞭其散點的顏色,在aes()中使用瞭colour =,其後面的year也是mpg數據集中的一個變量。裡面隻有1999和2008兩年,每個樣本都有一個年份。(colour =寫在aes()裡面可以自動分配顏色,寫在外面就是強制指定點的顏色,如加上‘blue'等)

不過為瞭將數字轉化成factor因子形式,我們這裡使用瞭factor()將數值變成瞭因子(可以自己嘗試不添加factor()看看會出現什麼樣的結果,其實會出現顏色的深淺表示數值的大小)。

這裡使用瞭p <- ggplot(mpg, aes(x = cty, y = hwy, colour = factor(year))),我們默認將後面這部分賦值給瞭變量p,後面的p全部都是指代這行語句。

這行代碼還有另外一個地方發生瞭變化,data =消失,隻是這個都可以省略,隻要在對應的位置有數據集這個變量就好瞭(這裡是mpg)。同理,其實x =y = 在這裡都可以省略。

在出現瞭散點之後,還是覺得空蕩蕩的,我們再加點別的零件。

2) 擬合曲線

p + geom_point() + stat_smooth()

相比於原先的操作,隻是再加瞭一行 + stat_smooth(),stat表示的是statistical transformation,統計學變換。因為我們需要用插值的方法來繪制擬合直線,並且附帶置信區間。

3) 變換大小

p + geom_point(aes(colour = factor(year), size = displ)) + 
  stat_smooth()   # 排量越大,點越大

想要變換點的大小,隻需再在aes()中加上size =,後面接上一個新的變量名稱displ代表著汽車的排量,每個點的尺寸越大,代表著排量越大,其對應關系如右邊圖例所示。

在此基礎上我們還想在一張圖上添加更多的信息,同時也可以解決點與點之間的重疊的問題,不會因為遮蓋而使得我們有部分點看不到。那麼我們應該怎麼做呢?

透明度!

4) 修改透明度

p + geom_point(aes(colour = factor(year),
                   size = displ), alpha = 0.5) +
  stat_smooth() + scale_size_continuous(range = c(4, 10))

同樣,我們隻需使用alpha =即可其范圍在0 — 1之間,越小表示越透明。註意,在這裡,我們是寫在aes()的外面,代表對所有的點都強制透明度為0.5。

在修改完透明度後,我們發現,圖像已經有一點夢幻般的感覺瞭。但仔細一看,會發現,這張圖實在是太擁擠瞭,1999年與2008年全部擠在瞭一塊兒,那有沒有什麼簡單的方法可以將兩年直接分開呢?

使用分層操作!

5) 分層

p + geom_point(aes(colour = class, size = displ), alpha = 0.5) +
  stat_smooth() + scale_size_continuous(range = c(4, 10)) +
  facet_wrap(~ year, ncol = 1)

這次變化的內容其實有點多,我們來細細捋一捋,首先是分層。

其實分層操作用起來非常的簡單,就一行代碼:facet_wrap(~ year, ncol = 1)facet_wrap()是關鍵,facet與wrap兩個詞組合,就是逐面地包起來。裡面我們選擇按照year這個變量來分層,就可以將1999與2008分開。一定要註意!這裡在year前面有個~,回歸中的用法。而最後的ncol = 1代表著我們的小窗口是1列,指定瞭1列之後,默認就是兩行啦。(因為年份一共隻有兩種)如果不加這句,會默認橫著排列,或者想要指定幾行,則使用nrow = 1

第二個修改的地方是colour = class。同樣的,class也是數據集中的一個變量,代表不同種類的汽車,而因為汽車的種類非常多,所以顏色也就變的很多瞭。

第三個修改點是:添加瞭scale_size_continuous(range = c(4, 10)),也就是指定我們size的變化范圍。在本圖中,就是控制點的絕對大小的范圍, 不要太大,也不要太小。

至此,散點圖該潤色的地方,已經潤色的差不多瞭,唯獨還有一個小小的缺陷:能否加個標題,並且將這些英文簡寫的名稱改得更容易懂一些。畢竟做統計圖不是為瞭自娛自樂,而是要給別人看的,要讓大傢明白你在做什麼,在分析什麼。

所以我們還需要進行一點點修改。

6) 改中文

p + geom_point(aes(colour = class, size = displ), alpha=0.5) +
  stat_smooth() + scale_size_continuous(range = c(4, 10)) +
  facet_wrap(~ year,ncol = 1) +
  labs(y = '每加侖高速公路行駛距離', x = '每加侖城市公路行駛距離',
       title = '汽車油耗與型號', size = '排量', colour = '車型') +
  theme(text = element_text(family = "STHeiti"),
        plot.title = element_text(hjust = 0.5))

看到這麼長的代碼,首先要做的就是淡定,不要虛!我們慢慢來解釋。

其實我們隻添加瞭兩個地方,labs()theme()

labs()修改的是我們標簽的名稱。我們前面在aes()中用瞭x =y =size =以及colour =,這些都是會有標簽名稱的,默認都是前面顯示的一些英文。而這裡,我們隻需要在labs()中,寫上其對應的名稱即可。另外我們還附送一個title =,就是我們圖像的標題。

theme()更偏向於格式的修改。text = element_text(family = "STHeiti")是對字體進行修改,變為黑體。Windows系統的各位,可以不添加這行,一樣會顯示前面labs()中設定的中文。而如果是Mac或者Linux系統,由於字體的缺失,會顯示成一個一個的框框,在圖像上顯示不瞭中文字。

第二行plot.title = element_text(hjust = 0.5)是調整標題的位置,不加這行,標題會居左,加上才會居中。hjust = 0.5其實就是左右移動的意思,0.5表示居中。

2. 零件——直方圖與條形圖

學完瞭零件——散點圖,我們再來學學其它零件。

我們先著重介紹直方圖與條形圖。可能會有有人問,這兩個不都是方塊兒條嗎,有什麼區別。其實這兩個圖有本質的區別:一個是針對連續的變量(直方圖,histogram),將連續的變量砍成一段一段,再進行計數;一個是針對離散的變量(條形圖,bar),直接對每類的樣本來數數。

1) 直方圖

p1 <- ggplot(mpg, aes(x = hwy))
p1 + geom_histogram()

這裡不再用前面的變量p,而是變成p1,其映射是不需要y的,隻需要指定x =數據集中的一個變量即可。然後+ geom_histogram()會使用默認的參數進行直方圖的繪制。

2) 潤色

p1 + geom_histogram(aes(fill = factor(year), y = ..density..),
                    alpha = 0.3, colour = 'black') +
  stat_density(geom = 'line', position = 'identity', size = 1.5,
               aes(colour = factor(year))) +
  facet_wrap(~ year, ncol = 1)

這裡又進行瞭很多操作,下面將其進行分解。

首先是facet_wrap(~ year, ncol = 1)按年分層,這裡不再詳述。我們來聊聊geom_histogram()中的參數。

fill = factor(year) 放在aes() 中表示按年進行填充顏色。為什麼不用前面說到的colour = ?這是ggplot繪圖中一個非常重要的點!(敲黑板!)對於線與點這種面積為0的結構,它的顏色就直接使用colour =進行指定,而對條形圖,柱狀圖,扇形圖(特殊的柱狀圖),箱線圖等等有面積的圖形,其面積的顏色,我們需要用fill =來指定。

添加y = ..density.. 是將原本的頻數直方圖變成頻率密度直方圖,目的是為瞭在直方圖上添加密度曲線,兩者可以同時在一張圖上展現。

alpha = 0.3 是指定填充顏色的透明度, colour = 'black'則是強制指定柱狀圖邊框的顏色為黑色。註意這兩個參數是放在aes()外面,就是強制設定的意思。

stat_density()表示添加統計學中的密度曲線,進行密度估計。geom = 'line'指定為線形, position = 'identity'表示一個一一映射, size = 1.5 是強制修改線的尺寸,為原先的1.5倍。最後的aes(colour = factor(year))為修改擬合密度曲線的顏色,這裡就是用的colour =而不是fill =

3) 條形圖

p2 <- ggplot(mpg, aes(x=class))
p2 + geom_bar()

直接簡單地計算不同車種類在數據集中的數量,使用 + geom_bar(),用默認參數即可繪制。我們直接從圖上也可以看出,geom_bar()geom_histogram(),兩者繪制出來的圖形,一個有間隔,一個沒有間隔。這就正好對應瞭我們的離散與連續的區別。

我們想進一步比較不同年份,兩者的汽車種類的數量是否有差別,我們可以使用並立條形圖。

a. 並立條形圖
p3 <- ggplot(mpg, aes(class, fill = factor(year)))
p3 + geom_bar(position = 'dodge')

隻需添加參數position = 'dodge',並立條形圖帶回傢!當然前面要說明用什麼變量來並立,這裡是年份:fill = factor(year)

同樣,我們可以做不同的條形圖。

b. 堆疊條形圖
p3 <- ggplot(mpg, aes(class, fill = factor(year)))
p3 + geom_bar(position = 'dodge')

c. 分面條形圖
p3 + geom_bar(aes(fill = class)) + facet_wrap(~ year)

隻需動一動手指,就可享受到買一送三的奢華體驗!

3. 零件——餅圖

餅圖可以說是條形圖的一種特殊形式,其繪制方法可以從代碼中看出。

p4 <- ggplot(mpg, aes(x = factor(1), fill = factor(class))) +
  geom_bar(width = 1)
p4 + coord_polar(theta = "y")

首先x軸,隻有一個柱子,柱子的寬度我們設置為1,geom_bar(width = 1),也就是鋪滿整個圖,而柱子按照class變量來分類,並且是堆疊的(默認是堆疊條形圖)。這時的圖,也就是p4是一個“千層餅”。然後我們按照y軸為原點,用coord_polar(theta = "y"),把這個千層餅卷成千層卷,就成瞭我們的餅圖瞭。

後面會專門開個博客來細講餅圖的一些細節操作。

4. 零件——箱線圖

geom_boxplot()繪制箱線圖。

p5 <- ggplot(mpg, aes(class, hwy, fill = class))
p5 + geom_boxplot()

但是箱線圖怎麼看都覺得不夠炫酷,我們可以用小提琴圖來使繪圖變得更加美麗動人。

5. 零件——小提琴圖

p5 + geom_violin(alpha = 0.3) + geom_jitter(shape = 21)

使用geom_violin()繪制小提琴圖,同樣改變透明度。小提琴圖相比於箱線圖多瞭各個類別分佈的信息,是圖像變得更加漂亮。

然後我們用geom_jitter()添加擾動點,其實就是將數據點等間隔的排列,顯得更加高大上。其中的shape = 21指定的是擾動點的形狀,我們用21號,也就是空心點(默認是實心點)。

至此,主要的零件都已經介紹完成瞭。但我們可以看到,ggplot繪制出來的圖,背景都是灰格子,我們可不可以將其去掉呢?

當然可以!

6. 零件打磨

下面的一系列變化都基於前面繪制的箱線圖。我們通過修改theme()中一系列參數,來對背景進行修改。

# 不要灰底
p5 <- ggplot(mpg, aes(class, hwy, fill = class))
p6 <- p5 + geom_boxplot()
p6 + theme_bw()

# 不要網格線
p6 + theme_bw() + theme(panel.grid = element_blank())

# 不要刻度標簽
p6 + theme_bw() + theme(panel.grid = element_blank(),
                        axis.text = element_blank())

# 不要刻度線
p6 + theme_bw() + theme(panel.grid = element_blank(), 
                        axis.text = element_blank(),
                        axis.ticks = element_blank())

# 不要xy軸標題
p6 + theme_bw() + theme(panel.grid = element_blank(), 
                        axis.text = element_blank(),
                        axis.ticks = element_blank(),
                        axis.title = element_blank())

# 不要外層邊框
p6 + theme_bw() + theme(panel.grid = element_blank(), 
                        axis.text = element_blank(),
                        axis.ticks = element_blank(),
                        axis.title = element_blank(),
                        panel.border = element_blank())

# 不要圖例
p7 <- p6 + theme_bw() + theme(panel.grid = element_blank(), 
                              axis.text = element_blank(),
                              axis.ticks = element_blank(),
                              axis.title = element_blank(),
                              panel.border = element_blank(),
                              legend.position = "none")
p7

7. 超級變變變

到這裡還有沒有進一步的提升空間呢?比如定制自己喜歡的配色?當然可以!

這裡我們使用scale_fill_manual()函數,來對箱線圖中填充的顏色進行修改。觀察這個函數,可以發現,由於是箱線圖中填充的顏色,所以函數中間是fill。如果將中間的fill替換成colour,也就是scale_colour_manual(),就可以對點與線的顏色進行定制瞭!

關於具體的配色,在文末會有推薦的網站,大傢隻需選中自己喜歡的配色,復制粘貼即可。

# 黃棕變
color = c('#ffffd4', '#fee391', '#fec44f', '#fe9929',
          '#ec7014', '#cc4c02', '#8c2d04')
p7 + scale_fill_manual(values = color)

變!

# 紅藍變
color = c('#b2182b', '#ef8a62', '#fddbc7', '#f7f7f7', 
          '#d1e5f0', '#67a9cf', '#2166ac')
p7 + scale_fill_manual(values = color)

變!!

# 清新脫俗變
color = c('#fbb4ae', '#b3cde3', '#ccebc5', '#decbe4',
          '#fed9a6', '#ffffcc', '#e5d8bd')
p7 + scale_fill_manual(values = color)

8. 其他常用零件

最後我們再介紹一些其他常用的零件:

函數 圖形 選項
geom_bar() 條形圖 color, fill, alpha
geom_boxplot() 箱線圖 color, fill, alpha, notch, width
geom_density() 密度圖 color, fill, alpha, linetype
geom_histogram() 直方圖 color, fill, alpha, linetype, binwidth
geom_hline() 水平線 color, alpha, linetype, size
geom_jitter() 抖動點 color, alpha, size, shape
geom_line() 線圖 color, alpha, linetype, size
geom_point() 散點圖 color, alpha, size, shape
geom_rug() 地毯圖 color, sides
geom_smooth() 擬合曲線 method, formula, color, fill, linetype, size
geom_text() 文字註解 … …
geom_violin() 小提琴圖 color, fill, alpha, linetype
geom_vline() 垂線 color, alpha, linetype, size
… … … … … …

七、實踐出真知

別人傢的男票再帥,也是別人傢的。

同理可證,代碼一定要自己一行一行的敲,並且每次可以自己多試幾種類似的情況,看看圖形會怎麼變。帶著問題去學習,去探索,一定會很快入門ggplot2這個大殺器!

八、學習資源

ggplot2官方參考文檔

ggplot2速查(Cheat Sheet)

ggmap(可以畫出美得令人窒息的地圖)

ggplot2很多很多衍生包

一個專治“疑難雜癥”的地方(Stack Overflow)

調色板(用於配色,很全面,但偶爾需要翻墻)

另一個配色網站

函數與使用方法速查

九、參考資料

ggplot2官方參考文檔

30分鐘學會ggplot2

ggplot2 Elegant Graphics for Data Analysis (use R)

ggplot2高級繪圖。

最後本文的PPT(利用 R 包 xaringan 制作而成)於GitHub上可獲得:
https://github.com/kannyjyk/ggplot2-xaringan

以上就是R語言學習ggplot2繪制統計圖形包全面詳解的詳細內容,更多關於R語言ggplot2繪制統計圖形包的資料請關註WalkonNet其它相關文章!

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