解決R語言中install_github中無法安裝遇到的問題

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首先，讓我們來進入常規步驟

我安裝的是recharts包，正常的寫法呢，就是以下這個樣子：

install.packages("devtools")
#devtools::install_github("madlogos/recharts")

第一個問題：

然而對於今天的我來說，那就太天真瞭，首先踏入的第一個坑：

無法打開URL’http://yihui.name/xran/src/contrib/PACKAGES’ Warning in install.packages : 從zip文件中抽取1時出瞭錯

類似於無法訪問的錯誤，第一步的解決辦法，就是改變包的鏡像。

在Tools->Global Options->packages->change->china Beijing.

如下圖所示：

在這裡插入圖片描述

這可能是R新版本的默認設置為外國版本，之前的版本上沒有遇到過類似鏡像的問題，解決完這裡，如果是稍微簡單點的問題就可以被解決瞭，然而我的路才剛剛開始。

第二個問題：

要在https://cran.rstudio.com/bin/windows/Rtools/網站中下載rtools錯誤大概就是這麼寫的，具體我已經無法還原瞭，相信這個報錯大傢都能看懂，下載未被凍結或鎖定的rtools，註意安裝時要選擇自動添加路徑，不然還得手動添加，容易出錯。這一步下來，正常的包都可以安裝瞭。

第三個問題

錯誤為：

failed to receive handshake ssl/tls connection failed github

第一種方法：

始終無法訪問github，查過許多資料，有一部分說是IE出瞭問題，在選項中一次勾選SSL之類的，然而我一開始沒有找到這個地方，不過好像這個方法蠻簡單，大傢如果遇到類似問題可以去百度嘗試一下，

第二種方法：

很可能是因為你的網絡被設置而代理，或者是你有下載翻墻軟件串改瞭你的internet設置，具體操作如下：打開IE瀏覽器，選擇工具->internet選項->連接->局域網設置->點擊自動設置（若勾選，則點為不勾選。若不勾選，則點為勾選），下面的LAN設置不要勾選

第三種方法：

打開git bash,輸入下列代碼

$ git config --global http.sslBackend "openssl"
$ git config --global http.sslCAInfo c://program files//R//R-3.6.3//library//openssl//cacert.pem(此為R中cacert.pem的文件路徑)

運行完之後退出，重新打開R,再執行安裝命令

install.packages("devtools")
devtools::install_github("madlogos/recharts")

就OK瞭。

補充：R安裝xml2 （安裝devtools）

安裝devtools

今天看到瞭一個R上的一個包，似乎是要用到devtools。發現我linux電腦上的R並沒有裝devtools這個包。想著直接安裝一下，沒想到卻意外頻發。

R：R-4.0.0

devtools需要很多依賴包，用R自帶的

install.packages("devtools")

可以很好地解決這些問題，但是發現安裝失敗。仔細檢查後發現是安裝xml2的時候出現瞭意外。

xml2這個包沒有裝上，導致瞭最終devtools沒有安裝成功。

安裝xml2時報錯：

Error : unable to load shared object ‘/home/Litedg/Programs/R-4.0.0/lib64/R/library/00LOCK-xml2/00new/xml2/libs/xml2.so’: libiconv.so.2: cannot open shared object file: No such file or directory

開始以為是沒有裝libxml2、libxml2-devel。用yum裝過瞭一下，發現隻是版本有些舊，但還是有的。

然後發現在報錯的最前面：

— Please select a CRAN mirror for use in this session —

trying URL ‘https://cloud.r-project.org/src/contrib/xml2_1.3.2.tar.gz’

Content type ‘application/x-gzip’ length 271876 bytes (265 KB)

==================================================

downloaded 265 KB

* installing *source* package ‘xml2’ …

** package ‘xml2’ successfully unpacked and MD5 sums checked

** using staged installation

Found pkg-config cflags and libs!

Using PKG_CFLAGS=-I/home/Litedg/Programs/anaconda3/include/libxml2 -I/home/Litedg/Programs/anaconda3/include

Using PKG_LIBS=-L/home/Litedg/Programs/anaconda3/lib -lxml2 -L/home/Litedg/Programs/anaconda3/lib -lz –

L/home/Litedg/Programs/anaconda3/lib -llzma -lpthread -L/home/Litedg/Programs/anaconda3/lib -liconv –

L/home/Litedg/Programs/anaconda3/lib -licui18n -licuuc -licudata -lm -ldl

** libs

所以應該是由於調用瞭anaconda3下面的libxml2導致的原因。想在環境變量中將anaconda3給註釋掉，但是會調到pymol下面，後來發現直接修改xml2安裝包的configure就好瞭。

找到xml2的安裝包。在報錯的最後面會給出：

The downloaded source packages are in

‘/tmp/RtmpUV7uZp/downloaded_packages’

Updating HTML index of packages in ‘.Library’

Making ‘packages.html’ … done

Warning message:

In install.packages(“xml2”) :

installation of package ‘xml2’ had non-zero exit status

找到這個目錄，解壓：

cd /tmp/RtmpUV7uZp/downloaded_packages
tar -zxvf xml2_1.3.2.tar.gz

修改其中configure文件：

  xml2-config --version >/dev/null 2>&1
  if [ $? -eq 0 ]; then
    PKGCONFIG_CFLAGS=`xml2-config --cflags`
    PKGCONFIG_LIBS=`xml2-config --libs`
 
    # MacOS versions El Capitan and later ship a xml2-config which appends `xcrun
    # --show-sdk-path` to the xml2-config. So we remove it if it is present.
    # (https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-mac/2016-September/012046.html)
    if [ "$OS_TYPE" = "Darwin" ] && [ "$OS_VERSION" -gt "13" ] && [ "$OS_VERSION" -lt "17" ]; then
      PKGCONFIG_CFLAGS=`echo $PKGCONFIG_CFLAGS | perl -pe "s{\Q\`xcrun -show-sdk-path\`\E}{}"`
      PKGCONFIG_LIBS=`echo $PKGCONFIG_LIBS | perl -pe "s{\Q\`xcrun -show-sdk-path\`\E}{}"`
    fi
 
    # Fix a missing libxml2 directory on the requested include directory
    # https://github.com/r-lib/xml2/issues/296
    if [ "${OS_TYPE}" = "Darwin" ] && echo "${PKGCONFIG_CFLAGS}" | grep -sq "/usr/include$"; then
      PKGCONFIG_CFLAGS="$PKGCONFIG_CFLAGS/libxml2"
    fi
 
  else
    pkg-config --version >/dev/null 2>&1
    if [ $? -eq 0 ]; then
      PKGCONFIG_CFLAGS=`pkg-config --cflags $PKG_CONFIG_NAME`
      PKGCONFIG_LIBS=`pkg-config --libs $PKG_CONFIG_NAME`
    fi
  fi

改成：

  if [ $(command -v pkg-config) ]; then
   PKGCONFIG_CFLAGS=$(pkg-config --cflags $PKG_CONFIG_NAME)
   PKGCONFIG_LIBS=$(pkg-config --libs $PKG_CONFIG_NAME)
 fi

即可。保存退出。

使用R CMD進行安裝（在xml2目錄下）

R CMD INSTALL ./

即可順利安裝xml2包。

其餘的包使用

install.packages("devtools")

繼續安裝即可~

以上為個人經驗，希望能給大傢一個參考，也希望大傢多多支持WalkonNet。如有錯誤或未考慮完全的地方，望不吝賜教。

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