R語言初學者的一些常見報錯指南
前言
與Python、C語言等相比，R語言可以說是比較容易的編程語言之一（更適合數據探索和科研）。盡管R語言相對簡單，但仍給新手小白們帶來無數的困難和痛苦。特別是，當你在run一份code，發現每行code都出現Error，更是無奈。然而，在剛開始學習R語言的過程中，這些ERROR又不可避免。對我自己而言，剛開始學習R時，也遇到瞭各式各樣的Error，確實讓人崩潰。這裡，我給大傢總結瞭一些初學者學習代碼時容易踩的坑，以及如何copy with，以Rstudio為例。
第一類：工作路徑問題
未設定工作路徑
如下：Cannot find XX.csx/txt/xlsx等等，這是新手常見的報錯–工作路徑問題。在出現這類報錯時，第一反應檢查自己在導入/讀取文件前是否設置瞭工作路徑，或者說工作路徑設定是否正確。具體理解：也就是說，所要讀取或加載的文件必須存在當前設定的路徑下才允許。其次，如果我們設定瞭工作路徑，但是發現該存在路徑下，並沒有存放所需文件也需要更改工作路徑。例子，有兩種情況需要註意。一是，在讀取文件前沒有設置工作路徑，解決辦法：補充該工作路徑所在路徑，用setwd()設置；二是，設置瞭工作路徑，但是當前工作路徑不是該文件所在的工作路徑，解決辦法：更改工作路徑，先用getwd()檢查當前的工作路徑，再用setwd()進行修改。
## 第一種情況
library(openxlsx)
mydata <- read.xlsx("1.xlsx",1)
#報錯信息如下
Error in loadWorkbook(file, password = password) : Cannot find 1.xlsx
#解決辦法
setwd ( ) #這是設置所需讀取文件的工作路徑的函數， 路徑記得加雙引號或者單引號。
Tips：在讀取前文件前用setwd()來設置絕對路徑是一種方法，但這樣得保證每次所用數據都必須在同一個工作路徑才可以，並且得清楚這個路徑的名稱（這裡可以從我的電腦去復制粘貼路徑），否則都需要改。然而，通常我們的數據都是根據個人情況分別放在不同的文件夾，即工作路徑都不同。因此，每次讀取文件前，我在這裡推薦大傢用這個方法選擇工作路徑（choose directory）以解決上述問題：
當前路徑需要修改
## 第二種情況
setwd (XXXX)
mydata <- read.xlsx("1.xlsx",1)
#報錯信息與第一種情況一樣
#解決辦法
getwd ( ) #這是檢查當前工作路徑的函數
setwd ( )
選擇好後，我們會在console這個界面看到一個路徑，如：I：/作業就是我們的當前工作路徑。在R裡面所有的操作，導入導出文件都會保存在這個路徑下。
第二類：對象名或函數名問題
未找到函數名報錯
如下：Could not find function "XXX"等等，這個報錯是屬於程序包沒有加載的問題。因此，在使用某個函數時，首先要清楚知道該函數屬於哪個程序包裡的，並先用library（）讀取該程序包，然後再運行該函數即可。
mydata <- read.xlsx("1.xlsx",1)
## 報錯信息如下
Error in read.xlsx("1.xlsx", 1) : could not find function "read.xlsx"
### 解決辦法
library(openxlsx)
mydata <- read.xlsx("1.xlsx",1)mydata <-read.xlsx("1.xlsx",1)
如果不清楚該函數是哪個程序包，我們可以用?“read.xlsx"或 help（“xx”）來咨詢，咨詢結果如下：紅色框即為所需要的程序包，需要註意的是在咨詢的時候必要時需加上引號” "。
函數名大小寫問題
我們在調用程序R包、函數名時，要註意一個小問題–字母的大小寫。這裡，我直接用例子給大傢展示：head ( ）、Head ( ）以及HEAD ( ）這裡隻有第一個函數名是能夠正常運行的，因為在R語言中隻存在自帶函數名的字母大小寫，也就是說，程序中不會默認都是大寫或者都是小寫。
## R語言程序包大小寫錯誤
library(Openxlsx)
## 報錯信息如下
Error in library("Openxlsx") : there is no package called ‘Openxlsx'
## 更正後
library("openxlsx")
## 函數名大小寫錯誤
mydata <- Read.xlsx("I:\\R language\\R語言鄭師兄代碼\\圖一.xlsx",2)
## 報錯信息如下
Error in Read.xlsx("I:\\R language\\R語言鄭師兄代碼\\圖一.xlsx", 2) :
could not find function "Read.xlsx"
## 更正大小寫後
mydata <- read.xlsx("I:\\R language\\R語言鄭師兄代碼\\圖一.xlsx",2)
## 另外一個example
Head(mydata)
## 報錯信息如下
Error in Head(mydata) : could not find function "Head"
## 更正後
head(mydata)
錯誤結果和更正展示：
未找到賦值對象
如下：object ‘xxx’ not found，這類報錯比較直觀，就是如錯誤所描述的：找不到目標的問題。在下面例子中，就是報錯信息中的a找不到。通常可能是你自己在運行代碼時候，run 的太快瞭，上一行的數據讀取信息還沒讀，就緊接著跑下一行代碼，所以會出現第二行代碼報錯，沒有找到a這個變量。以後出現這類錯誤時，隻需要查看一下自己環境變量是否缺少該目標變量，如果缺少瞭補充上就可以瞭。
## 這類錯誤檢查環境變量中是否存在所需目標 library(ggplot2) library(datasets) data(package="datasets") ## 查看該程序包裡含有哪些數據集 data(iris) head(iris) b <- a[-1] ## 報錯信息如下 Error: object 'a' not found ## 解決辦法 ## 補充目標變量即可 a <- data.frame(iris$Species,iris$Sepal.Width) b <- a[-1]
個人建議：在報錯時，先檢查下環境變量中的變量，是否能找到所需要的目標。如果沒有的話，把目標變量讀取後再運行報錯的代碼即可。
對象賦值不規范
如下：unexpected symbol in “1r”，這類錯誤也是新手會犯的，但這類錯誤很簡單，我們在定義目標變量的時候，不能用數字作為定義名。這裡我提供一個思路去理解，如果可以用數字打頭，也需要加上字母：例如1+UUU; 1+AALL。然而這些不能作為變量名，因為編譯器不能區分究竟是數字還是變量名。利用數字和字母一起顯然沒有隻用字母來的簡便，索性就去掉瞭。因此，我們需要記住的是，在定義目標變量名稱的時候不能用數字打頭。
## 數字打頭不能做變量名的錯誤 1r <- iris$Species ## 報錯信息如下 Error: unexpected symbol in "1r" ## 解決辦法 ## 把數字去掉，隻用字母作為變量名 r <- iris$Species
第三類：符號問題
中文逗號報錯
如下：unexpected input in ‘XXX’, 這類錯誤是初學者常遇到的–中英文標點符號問題。新手在出現這類報錯時，第一反應應該查看報錯的位置 Error in 停在哪裡。在下面例子中，句子停在瞭Species，"之後，通過仔細查看代碼，能夠發現句子中報錯的位置是一個中文格式的逗號。因此，把中文格式的逗號改成英文格式即可，這種報錯隻要在R語言練習一段時間後就基本不會再煩瞭。
## 這類錯誤需要檢查中英文標點符號 library(ggplot2) library(datasets) data(package="datasets") ## 查看該程序包裡含有哪些數據集 data (iris) head (iris) a <- data.frame(iris$Species ，iris$Sepal.Width) ## 報錯信息如下 Error: unexpected input in "a <- data.frame(iris$Species ，？" ## 解決辦法 ## 將中文的標點符號改成英文模式下的即可 a <- data.frame(iris$Species, iris$Sepal.Width)
個人建議：由於rstudio剛開始使用時用的是默認的背景模板，為瞭在學習過程中節省一些時間，提高代碼的準確率，可以用下面方法更換一下背景模板，選擇一種最適合自己的模板，減少不必要的錯誤。
絕對路徑的設定符號使用不規范
如下：unexpected input in “setwd(I:”，是路徑未設定成功，但是根本報錯是因為路徑符號不對導致的。我們需要清楚在R語言中引用地址的時候，需要註意是’/‘還是’\‘（單向左還是雙向右下的斜杠）。如果在地址引用時，用瞭’//‘或’‘就會報錯。下面我們用例子來展示，我們發現我們在設置路徑時，符號用錯瞭，直接報錯。在讀取數據時，工作路徑的符號也用錯瞭，出現瞭同樣的報錯。這裡，我們隻需要熟記一點，在R語言中要用’/’ or '\'即可。
## 這類報錯也屬於符號使用錯誤
setwd("I:\R language\R語言鄭師兄代碼")
## 報錯信息如下
Error: unexpected input in "setwd(I:\"
## 解決辦法
## 把'\'改成 '/' or '\\'
setwd("I:\\R language\\R語言代碼")
setwd("I:/R language/R語言代碼")
## 同樣是工作路徑的情況
library(openxlsx)
mydata <- read.xlsx("I:\R language\R語言代碼\圖一.xlsx",2)
## 報錯信息如下
Error: '\R' is an unrecognized escape in character string starting ""I:\R"
## 解決方法 與上述相同
mydata <- read.xlsx("I:\\R language\\R語言代碼\\圖一.xlsx",2)
報錯結果如下：
更正後結果：
缺少括號或引號
如下：unexpected symbol in: “XXX”，這類報錯是比較常見且簡單的，屬於缺少or多餘符號。這類錯誤出現時，應該第一時間查看error中出現報錯的位置，出現問題的地方在兩個報錯的兩個雙引號" "之間，因此應該出現在第一行和第二行代碼之間。下面的例子中，我們發現缺少瞭括號，因此我們在代碼的最後把括號補充上後，問題就解決瞭。
## 這類報錯屬於多餘或缺少符號 library(ggplot2) library(datasets) data(package="datasets") ## 查看該程序包裡含有哪些數據集 data(iris) head(iris) a <- data.frame(iris$Species,iris$Sepal.Width) mydata <- iris mydata <- as.data.frame(t(dat[,as.character(a$Species)]) # 這裡看出少瞭一個括號。 mydata ## 報錯信息如下 Error: unexpected symbol in: "mydata < as.data.frame(t(dat[,as.character(a$Species)]) mydata" ## 解決辦法 ## 隻需要刪除多餘和補充缺少的符號即可
個人建議：如果在輸入有括號的代碼時，可以把鼠標在每個右半邊的括號點一下，rstudio會自帶提醒這一組括號是否完成輸入：當前括號表示是第二個左半邊括號，因此需要在最右邊再補充一個括號。
賦值號報錯
通常用這兩種方式來表示賦值，<- 或者 =。如果我們在去讀時候賦值號使用有誤，也會出現object ‘mydata’ not found。我用一個例子告訴大傢，這裡不是因為沒有讀取之前的目標，而是在編輯代碼的過程中可能因為粗心等因素出現代碼的小錯誤。具體情況如下：
## 這類屬於未找到目標變量，但是屬於代碼錯誤的問題
library(openxlsx)
mydata < - read.xlsx("I:\\R language\\R語言鄭師兄代碼\\圖一.xlsx",2)
## 報錯信息如下
Error: object 'mydata' not found
## 仔細一看發現是賦值時候的符號被隔斷瞭
## 解決方法
< - 改寫成 <-即可
報錯如下：
更正展示:
必要的引號與括號
我將這兩個易犯的小錯誤合一起與大傢分享。第一，忘記使用必要的引號；第二，在使用函數名時忘記使用括號。其實，這兩類錯誤可能在之前也有提到一點。但是，這裡我單獨將他們拿出來講，考慮到這兩類錯誤新手特別容易犯。但是兩類錯誤也是特別容易解決，隻要在寫代碼的時候稍微小心一點就可以啦~圖片下面我用一些具體的例子和大傢展示：
## 特別是安裝程序包時，必要的引號不能丟
install.packages(ggplot2)
## 報錯信息如下
Error in install.packages : object 'ggplot2' not found
## 解決辦法
## 所需安裝的程序包加上引號即可
install.packages("ggplot2")
## 使用函數名時需要加括號，例如
help
## 報錯信息如下
function (...)
## 解決辦法，在函數名後添加括號
help()
## 此外，需要強調並不是所有函數都可以使用空白括號的
特別提醒：並不是所有函數名都可以用 XXX ( ）來查詢，有的函數名的括號內必須加入目標變量才可以訪問。這裡舉一個簡單的例子：例如head ( )
第四類：中文註釋亂碼
註釋的信息顯示亂碼，這是新手常遇到的問題。首先，註釋信息在你每次編輯一條代碼之前、中間以及之後都可以進行。其次，你每次編輯完註釋信息保存時都需要選擇一種encoding，也就是編碼方式。在windows系統下，read.csv ( )和read.table ( )方法不指定文件格式時，默認讀取的格式為GBK(GB2312)。Rstudio裡面有設置默認文本編碼方式，但是修改前後讀入中文數據情況都一樣，encoding為UTF-8或GB2312都相同。然而，在Linux系統下，系統指定中文編碼方式是UTF-8，所以read.csv ( )和read.table ( )都要求UTF-8。如下兩個文件，分別是UTF-8格式和GBK格式，首先用read.csv讀取，可以看到不指定編碼方式時，讀取UTF-8格式文件是亂碼。用encoding指定讀取的文件編碼方式為UTF-8後，正常。這樣看起來read.csv ( )方法讀取UTF-8好像可行？總結一下，如果大傢看不懂上面這一串沒關系，在保存文件時選用UTF-8的編碼格式，以及在打開一份code時，如果中文亂碼就用UTF-8打開。無論保存還是打開文件都選擇UTF-8格式即可。
如下情況：
將編碼方式更改為UTF-8：
下面是重新以UTF-8格式打開一份代碼：
file—reopen with encoding—utf-8—ok
第五類：數據集或變量長度不同
如下： ‘x’ and ‘w’ must have the same length, 這類錯誤也是較為常見的報錯–通常為兩個數據框的數據行與列長度不同。新手在出現這類報錯時，第一反應看你在讀取兩個數據框時的數據行列數是否滿足長度對等關系。我們通過下面例子來講解這個報錯需要註意的問題：我們在做一些需要兩個數據集的分析時（例如beta分析，即在探究環境因子與微生物群落的關系時的一些距離分析，特別需要註意這個行列對等問題，因為代碼隻能識別行列對等的矩陣。這裡，我們要記住讀取數據時的幾個比較重要的函數，header=T 這是個默認的函數，header=T 表示第一行設為每列的列名，這是默認代碼，如果不需要可以將T改為F。row.names=1表示第一列設為每行的行名。有這個代碼，意味著會少一列，註意這個函數在使用時要保證沒有重復的名稱。
## x和w長度需要一致，即兩個矩陣的行列長度要對等
library(vegan)
library(grid)
env=read.csv("env(1)(1).csv", header=T, sep=",", row.names = 1) # read.csv讀取csv格式的數據
env=data.matrix(env) # 將數據框轉化為矩陣
env[is.na(env)]=0 # 去掉數據為0的值
speciesdata=read.csv("OTU(2).csv", header=T, sep=",")
speciesdata=data.matrix(speciesdata)
speciesdata[is.na(speciesdata)]=0
speciesdata=t(speciesdata)
speciesdata.cca=cca(speciesdata,env) #進行CCA分析
## 報錯信息如下
Error in weighted.mean.default(newX[, i], ...) :
'x' and 'w' must have the same length
## 解決辦法
## 由於是兩個數據框的長度不同，那麼隻要將兩個數據框對齊即可
speciesdata=read.csv("OTU(2).csv",header=T, sep=",") ## 在這行代碼添加 row.names=1
speciesdata=read.csv("OTU(2).csv",header=T, sep=",",row.names=1)# 讓430列變成429列 與第一矩陣長度相等
錯誤結果：
更正展示：
個人建議：這類報錯–兩個數據框/矩陣行列不對等時，我們在每讀取一個文件時應該先看看環境中的數據框，可以用鼠標點開數據框，看看數據框讀取的結果與自己預期的結果以及在正常excel下打開的是否一致，再去判斷在運行代碼時能否成功等等。
補充：有一些錯誤是R的初學者和經驗豐富的R程序員都可能常犯的。
如果程序出錯瞭，請檢查一下幾個方面。
- 使用瞭錯誤的大小寫。help()，Help() 和 HELP() 是三個不同的函數（隻有第一個是正確的）。
- 忘記使用必要的引號。install.packages("gclus") 能夠正常執行，然後Install.packages(gclus)將會報錯。
- 在函數調用時忘記使用括號。例如，要使用help()而非help。即使函數無需參數，仍需加上（）。
- 在Windows上，路徑名中使用瞭\。R將反斜杠視為一個轉義字符。setwd("c:\mydata")會報錯。正確的寫法是setwd("c:/mydata")或setwd("c:\\mydata")。
- 使用瞭一個尚未載入包中的函數。函數order.cluster()包含在包gclus中。如果還沒有載入這個包就使用它，將會報錯。
R的報錯信息可能是含義模糊的，但如果謹慎遵守瞭以上要點，就應該可以避免許多錯誤。
總結
到此這篇關於R語言初學者的一些常見報錯指南的文章就介紹到這瞭,更多相關R語言常見報錯內容請搜索WalkonNet以前的文章或繼續瀏覽下面的相關文章希望大傢以後多多支持WalkonNet！
推薦閱讀：
- R語言的數據輸入深入講解
- R語言 用均值替換、回歸插補及多重插補進行插補的操作
- R語言導入導出數據的幾種方法匯總
- R語言文本文件讀寫(txt/csv/xlsx)
- R語言數據預處理操作——離散化(分箱)